Nació el 7 de abril de 1506 en el castillo de Javier, cerca de Pamplona. Huérfano con tres años, creció en un clima de tensión y de guerras. Cuando tenía 18 años se firmó un tratado de paz y Francisco continuó sus estudios de humanidad en la Soborna, es allí donde comparte habitación con San Ignacio de Loyola, quien en una ocasión le dice: ""¿de que sirve al hombre ganar todo el mundo si pierde su alma?".
Esta frase determinó el siguiente rumbo de su vida, pues prefirió ganar su alma. Junto a siete compañeros, hace Francisco voto de pobreza, castidad y peregrinación a Tierra Santa, así comienza la Compañía de Jesús y son ordenados sacerdotes.
El 7 de abril de 1531 parte el santo para la India junto a un compañero, tras llegar allí se ven enfrentados a grandes males, entre ellos la peste. Se dedica el santo a dar confianza y a compartir con todos el amor de Dios. Abre escuelas, colegios, dispensarios y bautiza sin tener tiempo nunca para descansar.
En 1543 volvió a Goa, y llegó cuando se declaró la guerra entre el reino de Comorín y el de Travancor. Enfrentándose solo a las fuertes tribus, armado sólamente de un crucifijo en la mano y de su palabra, hace el milagro de poner fin a la guerra.
En 1546, parte Francisco para Amboino, isla en la que entra hablando y cantando en el idioma popular como si hubiese vivido ahí. Emprende la visita de todas las islas de Oceanía. Después de esta dura expedición, Francisco vuelve a Goa y se prepara para llevar la fe cristiana hasta Japón. Después de pasar un año en Kangoshina, donde escribe con la ayuda de un intérprete un catecismo, partió por Yamaguchi y luego hacia la costa, aguantando miles de pruebas y rechazos. De allí embarcó para ir a visitar las misiones de la India y preparar su viaje a China.
Llegó a una isla desierta a 150 kilómetros de Cantón. Era finales de agosto de 1552. Allí a Francisco le espera una total soledad y pobreza. Pero enfermó y es aquí, esperando una embarcación para llegar lo más directamente posible a China, a 150 kilómetros de esa tierra tan soñada, que entregó a Dios su alma, el 3 de diciembre.
Es universalmente conocido como patrón del turismo, se le pide ayuda en caso de tener que viajar. También es patrón de las misiones y se celebra su día el 3 de diciembre.
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